农业农村部环境保护科研监测所成立于1979年，是我国从事农业农村环境保护科学研究和监测的专业机构，1997年划归中国农业科学院，2002年获批为非营利性科研机构。研究所坚持“创新、求是、协和、笃行”的发展理念，坚持“四个面向”，建设“两个一流”，始终以国家需求为导向开展农业农村环境保护科技支撑。

近年来，研究所面向粮食安全、乡村振兴、绿色发展等国家重大需求，聚焦产地环境和乡村环境，在农产品产地环境监测预警与评估、农田污染物防控与治理、乡村环境整治提升和农业面源污染防治及生态循环等四大领域开展理论研究、技术创新、集成与示范等基础前沿与应用研究，为我国农业绿色发展和乡村振兴战略实施提供科技支撑。努力把研究所建设成为国际一流、国内领先的农业农村环境保护和监测科技创新中心、技术交流与转化中心和高层次人才培养中心，为我国农业农村高质量发展提供科技和人才支撑。

建所以来，先后承担了国家“863”“973”、国家科技攻关、国家科技支撑计划项目、国家重点研发专项、国家自然科学基金、农业农村部公益性行业科研专项、省部级科技发展计划项目及自然科学基金等790余项，其中，“十三五”以来主持农业面源及农田土壤重金属污染防治领域国家重点研发计划项目14项。获科技成果1300余项，其中，获国家和省部级奖励130余项，获国家授权专利500余项。在国内外学术刊物发表论文3200余篇，主编或副主编出版著作160余部。科技成果转化覆盖全国30省（自治区、直辖市）200余市县。起草智库报告或政策建议10余项，被中央、部委有关部门采用。

全所现有从业人员211人，在编职工129人，在所研究生近200人。现有国务院政府特殊津贴专家、国家优秀高层次人才、神农英才计划领军英才、神农英才计划青年英才等省部级以上科技人才30人次。正高级专家33人（其中二级岗位1人，三级岗位4人），副高级专家66人，离退休职工83人，博士生导师14名，硕士生导师81名。

研究所建有4个研究中心9个创新团队，拥有云南大理农业生态系统国家野外科学观测研究站（国家级）、农业农村部环境保护科研监测所湘潭综合实验站、农业农村部环境保护科研监测所庆云综合试验基地、农业农村部产地环境污染防控重点实验室、农业农村部农村厕所与污水治理技术重点实验室等国家及省部级野外科学观测站、重点实验室、质检中心等科技平台13个，最高人民法院入册机构1个，是国家农产品产地重金属污染综合防控协同创新联盟、乡村环境治理科技创新联盟等2个国家级联盟的理事长单位。先后与美国、英国、加拿大、法国等20多个国家、地区、国际组织和机构建立了良好的国际合作关系，建立了中芬（中国-芬兰）、中瑞（中国-瑞典）、中瑞（中国-瑞士）、中英（中国-英国）、中蒙（中国-蒙古国）、中泰（中国-泰国）、中法（中国-法国）、中马（中国-马来西亚）等国际合作平台8个。主办《农业环境科学学报》《农业资源与环境学报》2个中文核心期刊。

近年来，研究所以“科技创新”和“成果转化”为两大基石，始终面向国家农业主战场，在农田污染物防控与治理领域，系统解析了我国典型区域土壤重金属和有机污染特征、来源及致污机制，揭示了土壤-作物系统多介质多界面关键过程与毒理阈值，创制了重金属钝化功能材料、叶面阻控剂30余个，构建了农田土壤重金属污染修复与安全利用技术模式10余套，为20余省市受污染耕地安全利用提供科技支撑。在农产品产地环境监测预警与评估领域，动态掌握了我国农田环境质量及风险水平，优化完善了农业环境监测、评估、预警、决策技术标准体系，研发了系列国家标准物质280余种，创建了土壤及农产品中500余种农药和抗生素高通量检测技术，为国家耕地分类管理、农产品质量安全监管及环境损害鉴定评估提供了科技支撑。在乡村环境整治提升领域，创新研发了污水高效脱氮菌株及新材料，开发了10余套低成本、低能耗的厕所改造及黑灰水协同处理装备，形成了典型区域农村人居环境整治技术集成模式10套，打造了一批人居环境整治示范样板，构建了长期管护机制与规划评价方法，在贵州、湖北、辽宁等全国20余省示范应用。在农业面源污染防治及生态循环领域，创新了畜禽粪污源头减量、过程控制、末端利用的全链条污染防治技术，构建了养殖场和县域尺度畜禽粪污资源化利用典型技术模式，研发了农田面源污染“五位一体”生态防控技术，构建了丹江口水源涵养区绿色高效农业技术模式，有关技术在湖北、河北、河南、山东、安徽等地推广应用。